口袋妖怪火红在三岛想要回到关都大陆，必须完整走完一、二、三岛主线任务，完成全部剧情之后，前往一之岛宝可梦中心找正辉对话即可返回红莲岛，后续再次往返七岛直接去枯叶市码头乘船即可。很多玩家卡在三岛无法离开，大多是跳过了部分剧情环节，没有完成救人、交付陨石的关键步骤，码头不会解锁直接返回大陆的选项，只能在三座岛屿之间来回航行。没有做完主线时，即便反复和码头水手对话，也看不到枯叶市的航线，这是剧情锁带来的限制，并非游戏故障，需要按顺序补齐任务流程才能解除锁定。
抵达三岛之后，先要处理岛上的暴走族剧情，击败绊桥附近拦路的自行车帮派，之后向西进入树果森林，在森林的西北角找到走失的小女孩小迷，触发和素利拍的对战，击败这只宝可梦之后，剧情会自动跳转回二之岛的房屋内。这里要注意，战斗不能直接逃跑，必须完成对战才能触发自动传送，如果直接从森林自行走回码头，剧情进度不会更新，依旧无法解锁返程。树果森林内分布大量树果与隐藏道具，还会遇到野生的催眠貘、大比鸟等宝可梦，队伍最好准备能够对抗超能力系的宝可梦，备好解催眠、麻痹的恢复道具，避免对战翻车卡住流程。绊桥沿途还有多名训练师，击败后可以获取道具与经验，适合给队伍快速提升等级。
回到二之岛后，找到小迷的父亲，把从一之岛获取的陨石交付给他，完成交付后会拿到月之石作为奖励，这一步是非常容易遗漏的关键点，没有交出陨石，后续和正辉对话不会触发返回大陆的选项。交付完毕后，前往二之岛码头，乘船回到一之岛，进入岛上大型宝可梦中心，找到站在通讯机器旁的正辉，和他对话之后就会触发过场动画，直接传送回到关都地区的红莲岛，正式结束初遇七岛的主线剧情。完成这整套流程之后，三岛通行证的功能完全解锁，之后随时可以前往枯叶市港口，和码头水手对话，自由选择往返一、二、三岛，不用再重复推进救人任务。
完成主线解锁自由往返之后，三岛还有不少值得探索的内容，树果森林可以反复采集各类树果，用来制作精灵饼干或者培育宝可梦，绊桥还可以重复挑战训练师刷取金币，岛上商店也能买到部分大陆难以获取的消耗道具。部分玩家通关四大天王，拿到全国图鉴之后，通行证还会升级为彩虹通行证，可以解锁四到七岛，开启更多神兽捕捉与支线内容。如果已经回到关都，想要重回三岛收集道具、捕捉宝可梦，直接前往枯叶市码头即可，不需要再重新触发红莲岛的剧情，也不能依靠飞翔技能直接飞到岛屿，所有岛屿只能依靠渡轮往返。遇到码头没有对应航线时，优先回头确认陨石是否交付、小女孩救援剧情是否完整触发，绝大多数卡关都出在这两处细节上。
