神秘船票不能在背包里直接选择“使用”，它的作用是解锁枯叶市码头前往肚脐岩的特殊航线。确认重要物品栏中拥有神秘船票后，前往枯叶市右侧港口，与负责开船的水手对话，在目的地列表中选择“肚脐岩”即可出发。神秘船票不是普通消耗品，乘船后不会消失，之后仍可从枯叶市码头再次前往该地点；这张船票对应的是肚脐岩，而不是诞生之岛，后者需要极光船票。
要让肚脐岩航线出现，必须先完成通往七岛后续区域的前置流程。击败四天王并进入联盟冠军殿堂后，图鉴至少登记60种宝可梦，找大木博士升级全国图鉴；随后回到一岛，把红宝石交给正辉，获得彩虹通行证。完成这些条件后，再携带神秘船票前往枯叶市港口，水手才会显示特殊岛屿选项。刚获得普通船票时只能乘船前往一至三岛，普通船票、三岛通行证和彩虹通行证都不能替代神秘船票。
到达肚脐岩后，外部道路通向中央洞穴，向上探索可以找到70级凤王，进入洞穴并沿内部道路向下则能找到70级洛奇亚。两只宝可梦都是固定遭遇，各自只有一次正式捕捉机会，建议在登船前准备30枚以上高级球或计时球，并携带能施加睡眠、麻痹等异常状态的宝可梦；战斗开始后先把目标压到红色生命值，再投球捕捉。凤王是火属性与飞行属性，洛奇亚是超能力属性与飞行属性，队伍中准备具备抗性、控血或异常状态技能的成员，比单纯依靠高伤害技能更稳妥。
如果背包里已经有神秘船票，但水手没有肚脐岩选项，应依次检查彩虹通行证、全国图鉴和正辉的红宝石任务是否全部完成，并确认是在枯叶市港口对话；一至七岛的码头不会提供这条特殊航线。通过修改器或金手指添加船票时，还可能只增加了道具，却没有开启水手识别活动，表现为重要物品栏有票、港口仍无法出发，此时需要启用对应的活动标志，或重新使用能同时开启事件与道具的方式。成功登船后先在肚脐岩入口存档，再分别挑战凤王和洛奇亚，便能把神秘船票的用途完整发挥出来。
